Ontology Table

ontology table icon

Ontology TableはONT Cellの概念情報を格納するテーブルです。

Ontology Tableの役割は？

ONT Cellで管理される概念情報（診断コード、処置コード、薬剤コード、検査コードなど）を格納します。
概念情報は階層構造を持ち、ツリー形式で表現されます。
Ontology Tableは、コード体系ごとに別々のテーブルとして複数用意されます。
例えば、ICD-10コード体系用のontology table、LOINCコード体系用のontology tableなどを別々に用意します。
それぞれのテーブルの構造は全く同じです。

Ontology Tableはどこにある？

Note

  • デフォルトでもcustom_metaという空のOntology Tableが存在します。ここに独自のコード体系をインポートすることが可能です。

  • 必要に応じて、独自のOntology Tableを追加で作成することも可能です。

i2b2のOntology Management (ONT) Cellのスキーマに存在 します。
例: データベース名が i2b2、CRC Cell用のスキーマ名が i2b2metadata 、
そしてICD-10を格納するontology table名が icd_10 の場合、
`i2b2.i2b2demodata.icd_10` としてアクセスします。

Ontology Tableのテーブル定義

Ontology Table テーブルの代表的な列構成は以下の通りです。

Note

Warning

  • PKに指定された列はありません

  • しかし、 CONCEPT_FULLNAMEが実質的に主キーとして機能します。重複に注意してください。

  • また、Ontology Tableは複数テーブル運用なので、テーブル間で重複がないように注意してください。

列名

キー

データ型

説明

C_HLEVEL

int
用語の階層レベルを示します。
階層の最上位にある用語は値が0、次の階層は1、
その次は 2…というように割り当てられます。
webclientのUIでは、
この階層に従って、用語がツリー形式で表示されます。
C_FULLNAMEおいて、その概念が
ツリーのどの位置にあるかということです。
0始まりです。

C_FULLNAME

varchar(700)
用語へと至る階層的なパス。
関節リウマチ (Rheumatoid arthritis)」の例です。
(実際には改行なしの連結された文字列です。)
\i2b2
\Diagnoses
\Musculoskeletal and connective tissue (710-739)
\Arthropathies (710-719)
\(714) Rheumatoid arthritis and other arthropathies
\(714-0) Rheumatoid arthritis\
最後のバックスラッシュは必須 です。

C_NAME

varchar(2000)
その用語を表す説明的なテキストです。
ユーザーインターフェース上で
実際に表示される名称になります。
例えばICD-10コードに対応する
病名です。

C_SYNONYM_CD

char(1)
ある項目が別の用語の同義語であるかを示す
ブール型フィールド です。
“Y” の場合、その項目は同義語であることを意味し、
“N” の場合は単一の用語であることを意味します。
既定値は “N” で、すべての用語は最初は”N”です。
その後同義語が追加される場合、 “Y” に更新します。
同義語である用語は同じC_BASECODEを持ちます。
(同義語がある、すなわち共通のC_BASECODEを持つものは
全てこれを “Y” にします。)

C_VISUALATTRIBUTES

char(3)
ユーザーインターフェース上でフィールドが
どのように表示されるかを表します。
これは3文字の文字列で、
各文字は特定の属性を表します。
使い方は 下記を参照。

C_TOTALNUM

int
その概念を持つ 患者の総数 を示します。
(総数がわかる場合だけ使用。)
1 つの修飾子が複数の概念に適用される可能性があるため、
このカラムは修飾子(modifier)には適応できません。

C_BASECODE

varchar(50)
概念を表すコードそのものです。
ICD9コード、ICD10コード、独自のコードなど。

C_METADATAXML

text
概念に関する追加情報をXML形式で格納する
ためのオプションフィールドです。
現在は主に、検査所見に関連する値メタデータを
記述するために使われています。
例は 下記を参照。

C_FACTTABLECOLUMN

varchar(50)
照会対象となるディメンションコードと関連付けを行う
ファクトテーブル（OBSERVATION_FACT）内の
キー名を示します。
典型的な項目には、CONCEPT_CD、PATIENT_NUM、
ENCOUNTER_NUM、PROVIDER_ID などがあります。
使い方は 下記を参照。

C_TABLENAME

varchar(50)
メタデータとファクトを関連付けるための
ディメンションテーブル名 を示します。
例えば、CONCEPT_DIMENSION、
PATIENT_DIMENSION、PROVIDER_DIMENSIONなど。
使い方は 下記を参照。

C_COLUMNNAME

varchar(50)
C_TABLENAMEで指定したテーブルの中で、
メタデータとファクトを関連付けるための
列名 を示します。
典型的な項目には、CONCEPT_PATH、BIRTH_DATE、
PROVIDER_PATH などがあります。
使い方は 下記を参照。

C_COLUMNDATATYPE

varchar(50)
「T」ならテキスト型、
「N」なら数値型 を表します。

C_OPERATOR

varchar(10)
SELECT SQLクエリにおける
WHERE 句で使用されるSQL演算子です。
典型的な値には “LIKE”、”BETWEEN”、
“IN”、”=” など。
使い方は 下記を参照。

C_DIMCODE

varchar(700)
クエリ対象となるディメンションテーブルの
C_COLUMNNAMEに格納されている値です。
典型的な例としては次のようなものがあります：
CONCEPT_PATH の値（例: \Diagnoses\Circulatory system）
INOUT_CD の値（例: ‘I’）
PROVIDER_PATH の値（例: \Providers\Emergency）
LIKE演算子と使う場合も、
ここでは’%’ ワイルドカードは不要なようです。
使い方は 下記を参照。

C_COMMENT

text
コメント欄 (任意)。

C_TOOLTIP

varchar(900)
ユーザーインターフェース上に
表示される表示名です。
通常は、読みやすさのために
バックスラッシュ（\）の前後にスペースを入れた
C_FULLNAME が使われます。
必ずしもC_FULLNAME通りでなく、
例えば、C_FULLNAMEが
\i2b2\Visit Details\Visit type\Inpatient visit\
の時、最上位の\i2b2\はUI上ではいらないので、
C_TOOLTIPは
Visit Details \ Visit type \ Inpatient visit
のようにすることもあります。
両端のバックスラッシュはなし。

C_PATH

varchar(700)
C_FULLNAME の部分集合であり、
そのノードの親ノードのC_FULLNAMEを
保持することを意図しています。
ノードの C_PATH に C_SYMBOL（下記）を連結すると、
そのノードの C_FULLNAME になります。

C_SYMBOL

varchar(50)
C_NAME を省略・短縮した一意の表現です。
ノードの C_SYMBOL に、そのノードの
C_PATH（上記参照）を前置すると、
ノードの C_FULLNAME になります。

VALUETYPE_CD

varchar(50)
その用語の種類を示すコード化された値 です。現在使用されているのは2種類です：
DOC = 用語が文書に関連することを表す
LAB = 用語が検体検査に関連することを示す

M_APPLIED_PATH

varchar(50)
修飾子(modifier)の適応先を定めます。
その修飾子が適用される CONCEPT_PATH を示します。
修飾子でない通常の概念用語では、M_APPLIED_PATH は ‘@’ を格納します。
M_APPLIED_PATH = ‘\Diagnoses\Circulatory system%’ の場合。
適用先は C_FULLNAME = ‘\Diagnoses\Circulatory system\’ および全ての下位概念 です。
M_APPLIED_PATH = ‘\Diagnoses\Circulatory system\’ の場合。
適用先は C_FULLNAME = ‘\Diagnoses\Circulatory system\’ その用語のみ です。
(M_APPLIED_PATHが`%`で終わるかどうか で意味が変わります。)

M_EXCLUSION_CD

varchar(50)
修飾子用語を扱うための機能です。
この値が非NULL（例: ‘X’） の場合、
その修飾子は指定された適用パスから除外されることを意味します。
通常の概念用語や、除外ではない修飾子では M_EXCLUSION_CD はNULLになります。
例えば、M_APPLIED_PATH = ‘\Diagnoses\Circulatory system%’ かつ
M_EXCLUSION_CD = ‘X’ の場合、その用語は修飾子ですが、
C_FULLNAME = ‘\Diagnoses\Circulatory system\’ および
その下位概念から除外されます。

UPDATE_DATE

datetime

レコード最終更新日時。

DOWNLOAD_DATE

datetime

データダウンロード日時。

IMPORT_DATE

datetime

データインポート日時。

SOURCESYSTEM_CD

varchar(50)

データソース識別子。

Ontology Tableとファクトテーブル、ディメンションテーブルの関係

Ontology tableで定義した用語（概念）が、実際にどのようにしてクエリに使われるのかを説明します。
C_FACTTABLECOLUMN、C_TABLENAME、C_COLUMNNAME、C_OPERATOR、C_DIMCODE 列がSQLクエリするために利用されます。
それにより、Ontologyを使って、ディメンジョンテーブルを介してファクトテーブルに格納されたデータを検索できるようになります。
基本的には、以下のようなSQL文 になります。
SELECT <C_FACTTABLECOLUMNの値>
FROM <C_TABLENAMEの値>
WHERE <C_COLUMNNAMEの値> <C_OPERATORの値> <C_DIMCODEの値>
具体的な例を下に示します。
CONCEPT_DIMENSIONテーブルでは、
例えば循環器系の診断コードをもつ患者を検索するとき 、
SELECT CONCEPT_CD
FROM CONCEPT_DIMENSION
WHERE CONCEPT_PATH LIKE '\Diagnoses\Circulatory system%'
となります。
ここでは、CONCEPT_DIMENSIONテーブルのCONCEPT_PATH列に’\Diagnoses\Circulatory system%’にマッチする行を探し、その行のCONCEPT_CD列の値を返します。そして、
OBSERVATION_FACTテーブルのCONCEPT_CD列がその値にマッチする行を探すことができます。
ここで、’LIKE’ 演算子が使われていますが、これはC_OPERATOR列に格納された値です。C_OPERATOR列はこのように使われます。
バックグラウンドではこのようにしてOntology table, CONCEPT_DIMENSION, そしてOBSERVATION_FACTを結びつけてクエリ（検索）するのです。
PATIENT_DIMENSIONテーブルでは、
例えば生年月日ベースで年齢「50歳」という概念を定義し50歳の患者を検索する とき、
SELECT PATIENT_NUM
FROM PATIENT_DIMENSION
WHERE BIRTH_DATE BETWEEN (CURRENT_DATE - INTERVAL '18628.75 day') AND (CURRENT_DATE - INTERVAL '18263.5 day')
のようなクエリがなされます。
ここでC_OPERATORは ‘BETWEEN’ で、C_DIMCODEの値は(CURRENT_DATE - INTERVAL ‘18628.75 day’) AND (CURRENT_DATE - INTERVAL ‘18263.5 day’)となります。やや複雑です。
このようにして、患者年齢50歳の患者ID(PATIENT_NUM)をバックグラウンドでは検索しています。
なお、この年齢(Age)に関する用語は、i2b2のデフォルトのOntology Tableに存在します。詳細は`i2b2metadata.i2b2`というテーブルをご覧ください。
このテーブルには、年齢のほか性別など、患者の属性に関する用語が含まれています。
VISIT_DIMENSIONテーブルでは、
例えば入院患者を表す用語として、
SELECT ENCOUNTER_NUM
FROM VISIT_DIMENSION
WHERE INOUT_CD = 'I'
のようなクエリがなされます。ここでC_OPERATORは ‘=’ で、C_DIMCODEの値は ‘I’ となります。
このようにして、入院患者の絞り込みをバックグラウンドでは行っています。
なお、この入院患者(Inpatient)に関する用語も、i2b2のデフォルトのOntology Tableに存在します。詳細は`i2b2metadata.i2b2`というテーブルをご覧ください。
PROVIDER_DIMENSIONテーブルでは、
SELECT PROVIDER_ID
FROM PROVIDER_DIMENSION
WHERE PROVIDER_PATH LIKE '\Providers\Emergency%'
のようなクエリがなされます。ここでC_OPERATORは ‘LIKE’ で、C_DIMCODEの値は ‘\Providers\Emergency’ となります。
C_FACTTABLECOLUMN、C_TABLENAME、C_COLUMNNAME、C_OPERATOR、C_DIMCODEへ格納する値は、上記の仕組みを理解して設定してください。

C_VISUALATTRIBUTESについて

i2b2 Community Wiki からの引用です。
C_VISUALATTRIBUTESカラムは、ユーザーインターフェース上でフィールドがどのように表示されるかを表します。
Webclient上の左上に表示されるターミノロジーツリーの見え方やクリックによる反応や動作の仕方を制御するものです。
これは最大3文字のフィールドで、次のような値を持ちます。(三文字目は省略可能。)

–– C_VISUALATTRIBUTESがとりうる値

––– C_VISUALATTRIBUTESの1文字目（ノードの種類）

C = コンテナ (Container)
F = フォルダ (Folder)
M = 複数 (Multiple)
L = リーフ (Leaf)
O = 修飾子コンテナ (Modifier container)
D = 修飾子フォルダ (Modifier folder)
R = 修飾子リーフ (Modifier leaf)

––– C_VISUALATTRIBUTESの2文字目（状態）

A = 有効 (Active)
I = 無効 (Inactive)
H = 非表示 (Hidden)

––– C_VISUALATTRIBUTESの3文字目（編集可否）

E = 編集可能 (Editable)

–– UIでの見え方

コンテナは容器のようなアイコン、フォルダはフォルダ型のアイコンで表示されます。
概念フォルダ／コンテナのアイコンには虫眼鏡が付きます。
修飾子フォルダ／コンテナのアイコンは見た目が少し変わります。

––– フォルダとコンテナの違い:

フォルダはドラッグ&ドロップでのクエリに対応します。なので、フォルダを属性にもつ概念はそのままドラッグしてクエリに使えます。
一方、コンテナはドラッグ&ドロップでのクエリには対応しません。
なので、下位概念を持つような用語は基本的にフォルダを使うべきです。
一方で「Diagnosis」や「Procedures」などのように、コード体系をまとめるための大分類的な用語はコンテナを使います。

––– リーフ (Leaf)

階層の最下層で、それ以上展開できません。
概念リーフはファイルのようなアイコンで表示されます。
修飾子リーフは見た目が少し変わります。

––– 複数 (Multiples)

複数の用語が 1 項目にマッピングされているが、UI上では 1 つだけが表示されます。
複数の用語を、UIのアイコンとしては一つのアイコンにまとめてしまいたいような時に使うようです。
例: 「Demographics」フォルダの「Gender」の下にある「Unknown」です。これは「Unknown Gender」と見なされる用語が少なくとも2つあり、それらが1つにマッピングされていることを意味します。
実際の運用では、ある概念レベルに’MA’を使い、その下位概念に’LI’として見えなくして、MAレベルで表示されている用語だけをクエリに使わせる、というような具合のようです。

–– 状態 (2文字目)

Active (A): 通常通り表示され、使用可能。
Inactive (I): グレー表示され、存在はわかるが使用できない。
Hidden (H): 完全に非表示でユーザーから見えない。

–– 編集可能性 (3文字目)

E の場合、その用語は編集可能です。
フォルダやコンテナであれば子用語を追加できます。
編集可能な用語は削除することも可能です。
E がない場合、その用語は編集できません。
(通常の運用では、Eは使わないことが多いと思います。)

C_METADATAXMLの例

ほとんどの場合空欄ですが、検査所見（検体検査やバイタルなど）の「値」に関連するメタデータを記述するために使われることがあります。
これは、i2b2 webclient（および他のインターフェース）における ポップアップの表示・入力方式（pop-up behavior）を制御 します。
特に、検体検査結果を値で絞り込む場合にこれが重要な設定となります。
例えば、ユーザーが数値の範囲（range）を選択できるようにし、その範囲内の値を持つ fact のみをクエリ対象にできます。
例として、体温（Body temperature）の値を特定範囲に限定して検索する、といった使い方が可能になります。
metadata row の C_METADATAXML が NULL の場合、i2b2 フォルダブラウジング画面で当該行を選択してもポップアップは表示されません。

C_METADATAXML の payload は XML ドキュメントそのもので、以下に例を示します。
実際にはスペースや改行なしで、一行（single string）に連結して格納します。
（理由：この XML は 1 行の metadata に対応する単一カラム C_METADATAXML としてロードされる必要があるため。）
詳細な仕様は こちら などを参照してください。
注意: この XML は、ロード時には以下のように **全行を連結して単一文字列（single string）**として扱います。
metadataxml は、ラボ結果やバイタルサインのように 観測値（continuous variable / numeric value）を伴う observation に対して
最も頻繁に利用されます。
以下に例を示します。
例1: HbA1c検査結果の値メタデータ
以下の例では、DataTypeは PosFloat（正の浮動小数点数）であり、単位はパーセント(%)です。
また、正常値範囲や異常値範囲も定義されています(LowofLowValue, HighofLowValue, LowofHighValue, HighofHighValueなど）
<?xml version='1.0’?>
  <ValueMetadata>
  <Version>3.02</Version>
  <CreationDateTime>04/15/2007 01:22:15</CreationDateTime>
  <TestID>GHBA1C</TestID>
  <TestName>GHBA1C</TestName>
  <DataType>PosFloat</DataType>
  <CodeType>GRP</CodeType>
  <Loinc>4548-4</Loinc>
  <Flagstouse>LNH</Flagstouse>
  <Oktousevalues>Y</Oktousevalues>
  <MaxStringLength>0</MaxStringLength>
  <LowofLowValue>3.5</LowofLowValue>
  <HighofLowValue>4.7</HighofLowValue>
  <LowofHighValue>5.7</LowofHighValue>
  <HighofHighValue>6.5</HighofHighValue>
  <LowofToxicValue></LowofToxicValue>
  <HighofToxicValue></HighofToxicValue>
  <EnumValues></EnumValues>
  <CommentsDeterminingExclusion>
    <Com></Com>
  </CommentsDeterminingExclusion>
  <UnitValues>
    <NormalUnits>%</NormalUnits>
    <EqualUnits>% Hgb</EqualUnits>
    <ExcludingUnits>No Units</ExcludingUnits>
    <ConvertingUnits>
      <Units></Units>
      <MultiplyingFactor></MultiplyingFactor>
    </ConvertingUnits>
  </UnitValues>
  <Analysis>
    <Enums /><Counts /><New />
  </Analysis>
</ValueMetadata>
例2: 便潜血検査(Occult Blood)の値メタデータ
以下の例では、DataTypeはEnum（列挙型）であり、
便潜血検査の結果として考えられる様々な列挙値がEnumValuesセクションに定義されています。
例えば、’NEG’（陰性）、’1+’、’2+’、’3+’、’POSITIVE’（陽性）、’TRACE’（微量）などです。
これにより、ユーザーは便潜血検査の結果を特定の列挙値で絞り込むことができます。
数値型ではないので、正常値範囲などは定義されていません。
※ちなみに >&amp;gt; というのは、XMLエスケープシーケンスで「>」を表します。
<?xml version="1.0"?>
<ValueMetadata><Version>3.02</Version>
<CreationDateTime>04/15/2007 01:23:14</CreationDateTime>
<TestID>UA-BLD</TestID>
<TestName>Occult Blood</TestName>
<DataType>Enum</DataType>
<CodeType>GRP</CodeType>
<Loinc>5794-3</Loinc>
<Flagstouse>HL</Flagstouse>
<Oktousevalues></Oktousevalues>
<MaxStringLength></MaxStringLength>
<LowofLowValue></LowofLowValue>
<HighofLowValue></HighofLowValue>
<LowofHighValue></LowofHighValue>
<HighofHighValue></HighofHighValue>
<LowofToxicValue></LowofToxicValue>
<HighofToxicValue></HighofToxicValue>
<EnumValues>
  <Val description="">`NEG</Val>
  <Val description="">&amp;gt;3+</Val>
  <Val description="">&amp;gt;3+++</Val>
  <Val description="">1+</Val>
  <Val description="">1-2+</Val>
  <Val description="">2+</Val>
  <Val description="">2++</Val>
  <Val description="">2-3+</Val>
  <Val description="">3+</Val>
  <Val description="">3+++</Val>
  <Val description="">4+</Val>
  <Val description="NEGATIVE">NEG</Val>
  <Val description="">POSITIVE</Val>
  <Val description="">SL TRACE</Val>
  <Val description="">SL. TRACE</Val>
  <Val description="">SL.TRACE</Val>
  <Val description="">TR</Val>
  <Val description="">TRACE</Val>
  <Val description="">TRACE-1+</Val>
  <Val description="">TWO PLUS</Val>
  <Val description="">CANNOT VOID</Val>
  <Val description="">LARGE</Val>
  <Val description="">MOD</Val>
  <Val description="">MODERATE</Val>
  <Val description="NEGATIVE">N</Val>
  <Val description="">NOT ORDERED</Val>
  <Val description="">ROUTINES NOT PERFORMED</Val>
  <Val description="">SM</Val>
  <Val description="">SMALL</Val>
  <Val description="">U</Val>
  <Val description="">UNABLE TO VOID</Val>
  <Val description="">UNS</Val>
  <Val description="">UNSAT.</Val>
  <Val description="NEGATIVE">NEGATIVE</Val>
  <Val description="">NP</Val>
  <Val description="">TEST NOT PERFORMED</Val>
  <Val description="POSITIVE">POS</Val>
  <Val description="">CAN</Val>
  <Val description="">CREDIT</Val>
  <Val description="">MARKED</Val>
  <Val description="">SLIGHT</Val>
</EnumValues>
<CommentsDeterminingExclusion>
  <Com></Com>
</CommentsDeterminingExclusion>
<UnitValues>
  <NormalUnits>mg/dl</NormalUnits>
  <EqualUnits>mg/dl</EqualUnits>
  <ExcludingUnits></ExcludingUnits>
  <ConvertingUnits>
    <Units></Units>
    <MultiplyingFactor></MultiplyingFactor>
  </ConvertingUnits>
</UnitValues>
<Analysis>
  <Enums /><Counts /><New />
</Analysis>
</ValueMetadata>

実装例

以下にOntology Tableのサンプルデータを示します。
これはi2b2のデモデータセットである i2b2metadata.icd10_icd9 に含まれるデータの一部です。

例1) ICDコードの例

Ontology Tableテーブル実際の例

C_HLEVEL

C_FULLNAME

C_NAME

C_SYNONYM_CD

C_VISUALATTRIBUTES

C_TOTALNUM

C_BASECODE

C_METADATAXML

C_FACTTABLECOLUMN

C_TABLENAME

C_COLUMNNAME

C_COLUMNDATATYPE

C_OPERATOR

C_DIMCODE

C_COMMENT

C_TOOLTIP

M_APPLIED_PATH

UPDATE_DATE

DOWNLOAD_DATE

IMPORT_DATE

SOURCESYSTEM_CD

VALTYPE_CD

M_EXCLUSION_CD

C_PATH

C_SYMBOL

5

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A01) Typhoid~nea4\(A01.4) Paraty~o5cj\(002.9)Paratyp~ksu3\

Paratyphoid fever, unspecified

N

LI

NULL

ICD9:002.9

NULL

concept_cd

concept_dimension

concept_path

T

LIKE

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A01) Typhoid~nea4\(A01.4) Paraty~o5cj\(002.9)Paratyp~ksu3\

NULL

Diagnoses \ Certain infectious and parasitic diseases (a00-b99) \ Intestinal infectious diseases (a00-a09) \ Typhoid and paratyphoid fevers \ Paratyphoid fever, unspecified \ Paratyphoid fever, unspecified

@

2014-05-30 00:00:00

NULL

NULL

Integration_tool

NULL

NULL

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A01) Typhoid~nea4\(A01.4) Paraty~o5cj\

(002.9)Paratyp~ksu3

3

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\

Other salmonella infections

N

FA

NULL

ICD10:A02

NULL

concept_cd

concept_dimension

concept_path

T

LIKE

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\

NULL

Diagnoses \ Certain infectious and parasitic diseases (a00-b99) \ Intestinal infectious diseases (a00-a09) \ Other salmonella infections

@

2014-05-30 00:00:00

NULL

NULL

NCBO_46302

NULL

NULL

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\

(A02) Other sa~2czh

3

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\

infection or foodborne intoxication due to any salmonella species other than s. typhi and s. paratyphi

Y

FA

NULL

ICD10:A02

NULL

concept_cd

concept_dimension

concept_path

T

LIKE

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\

NULL

Diagnoses \ Certain infectious and parasitic diseases (a00-b99) \ Intestinal infectious diseases (a00-a09) \ infection or foodborne intoxication due to any salmonella species other than s. typhi and s. paratyphi

@

2014-05-30 00:00:00

NULL

NULL

NCBO_46302

NULL

NULL

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\

(A02) Other sa~2czh

4

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(003)Other sal~jv6b\

Other salmonella infections

N

LI

NULL

ICD9:003

NULL

concept_cd

concept_dimension

concept_path

T

LIKE

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(003)Other sal~jv6b\

NULL

Diagnoses \ Certain infectious and parasitic diseases (a00-b99) \ Intestinal infectious diseases (a00-a09) \ Other salmonella infections \ Other salmonella infections

@

2014-05-30 00:00:00

NULL

NULL

Integration_tool

NULL

NULL

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\

(003)Other sal~jv6b

4

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(A02.0) Salmon~tq0o\

Salmonella enteritis

N

FA

NULL

ICD10:A02.0

NULL

concept_cd

concept_dimension

concept_path

T

LIKE

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(A02.0) Salmon~tq0o\

NULL

Diagnoses \ Certain infectious and parasitic diseases (a00-b99) \ Intestinal infectious diseases (a00-a09) \ Other salmonella infections \ Salmonella enteritis

@

2014-05-30 00:00:00

NULL

NULL

NCBO_46302

NULL

NULL

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\

(A02.0) Salmon~tq0o

4

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(A02.0) Salmon~tq0o\

Salmonellosis

Y

FA

NULL

ICD10:A02.0

NULL

concept_cd

concept_dimension

concept_path

T

LIKE

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(A02.0) Salmon~tq0o\

NULL

Diagnoses \ Certain infectious and parasitic diseases (a00-b99) \ Intestinal infectious diseases (a00-a09) \ Other salmonella infections \ Salmonellosis

@

2014-05-30 00:00:00

NULL

NULL

NCBO_46302

NULL

NULL

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\

(A02.0) Salmon~tq0o

5

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(A02.0) Salmon~tq0o\(003.0)Salmone~wjn1\

Salmonella gastroenteritis

N

LI

NULL

ICD9:003.0

NULL

concept_cd

concept_dimension

concept_path

T

LIKE

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(A02.0) Salmon~tq0o\(003.0)Salmone~wjn1\

NULL

Diagnoses \ Certain infectious and parasitic diseases (a00-b99) \ Intestinal infectious diseases (a00-a09) \ Other salmonella infections \ Salmonella enteritis \ Salmonella gastroenteritis

@

2014-05-30 00:00:00

NULL

NULL

Integration_tool

NULL

NULL

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(A02.0) Salmon~tq0o\

(003.0)Salmone~wjn1

4

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(A02.1) Salmon~bev5\

Salmonella sepsis

N

FA

NULL

ICD10:A02.1

NULL

concept_cd

concept_dimension

concept_path

T

LIKE

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(A02.1) Salmon~bev5\

NULL

Diagnoses \ Certain infectious and parasitic diseases (a00-b99) \ Intestinal infectious diseases (a00-a09) \ Other salmonella infections \ Salmonella sepsis

@

2014-05-30 00:00:00

NULL

NULL

NCBO_46302

NULL

NULL

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\

(A02.1) Salmon~bev5

5

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(A02.1) Salmon~bev5\(003.1)Salmone~2mdp\

Salmonella septicemia

N

LI

NULL

ICD9:003.1

NULL

concept_cd

concept_dimension

concept_path

T

LIKE

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(A02.1) Salmon~bev5\(003.1)Salmone~2mdp\

NULL

Diagnoses \ Certain infectious and parasitic diseases (a00-b99) \ Intestinal infectious diseases (a00-a09) \ Other salmonella infections \ Salmonella sepsis \ Salmonella septicemia

@

2014-05-30 00:00:00

NULL

NULL

Integration_tool

NULL

NULL

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(A02.1) Salmon~bev5\

(003.1)Salmone~2mdp

4

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(A02.2) Locali~171g\

Localized salmonella infections

N

FA

NULL

ICD10:A02.2

NULL

concept_cd

concept_dimension

concept_path

T

LIKE

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\(A02.2) Locali~171g\

NULL

Diagnoses \ Certain infectious and parasitic diseases (a00-b99) \ Intestinal infectious diseases (a00-a09) \ Other salmonella infections \ Localized salmonella infections

@

2014-05-30 00:00:00

NULL

NULL

NCBO_46302

NULL

NULL

\Diagnoses\(A00-B99) Cert~ugmm\(A00-A09) Inte~3luo\(A02) Other sa~2czh\

(A02.2) Locali~171g

例2) 年齢に関する概念の例

Ontology Tableテーブル実際の例（Demographics Age）

C_HLEVEL

C_FULLNAME

C_NAME

C_SYNONYM_CD

C_VISUALATTRIBUTES

C_TOTALNUM

C_BASECODE

C_METADATAXML

C_FACTTABLECOLUMN

C_TABLENAME

C_COLUMNNAME

C_COLUMNDATATYPE

C_OPERATOR

C_DIMCODE

C_COMMENT

C_TOOLTIP

M_APPLIED_PATH

UPDATE_DATE

DOWNLOAD_DATE

IMPORT_DATE

SOURCESYSTEM_CD

VALUETYPE_CD

M_EXCLUSION_CD

C_PATH

C_SYMBOL

2

\i2b2\Demographics\Age\

Age

N

CA

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NULL

NULL

concept_cd

concept_dimension

concept_path

T

LIKE

\i2b2\Demographics\Age\

NULL

Demographics \ Age

@

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2010-07-14 09:58:40

2010-07-14 09:58:40

DEMO

NULL

NULL

NULL

NULL

3

\i2b2\Demographics\Age\Not recorded\

Not recorded

N

LA

NULL

DEM|AGE:-1

NULL

patient_num

patient_dimension

vital_status_cd

T

LIKE

_L

NULL

Demographics \ Age \ Not recorded

@

2010-08-18 10:59:52

2010-07-14 09:58:40

2010-07-14 09:58:40

DEMO

NULL

NULL

NULL

NULL

3

\i2b2\Demographics\Age\0-9 years old\

0-9 years old

N

FA

NULL

NULL

NULL

patient_num

patient_dimension

birth_date

N

>

(CURRENT_DATE - INTERVAL ‘3653.5 day’)

NULL

Demographics \ Age \ 0-9 years old

@

2010-08-18 10:59:52

2010-07-14 09:58:40

2010-07-14 09:58:40

DEMO

NULL

NULL

NULL

NULL

4

\i2b2\Demographics\Age\0-9 years old\0 years old\

0 years old

N

LA

NULL

DEM|AGE:0

NULL

patient_num

patient_dimension

birth_date

N

>

(CURRENT_DATE - INTERVAL ‘366.25 day’)

NULL

Demographics \ Age \ 0-9 years old \ 0 years old

@

2010-08-18 10:59:52

2010-07-14 09:58:40

2010-07-14 09:58:40

DEMO

NULL

NULL

NULL

NULL

4

\i2b2\Demographics\Age\0-9 years old\1 year old\

1 year old

N

LA

NULL

DEM|AGE:1

NULL

patient_num

patient_dimension

birth_date

N

BETWEEN

(CURRENT_DATE - INTERVAL ‘731.5 day’) AND (CURRENT_DATE - INTERVAL ‘366.25 day’)

NULL

Demographics \ Age \ 0-9 years old \ 1 year old

@

2010-08-18 10:59:52

2010-07-14 09:58:40

2010-07-14 09:58:40

DEMO

NULL

NULL

NULL

NULL

4

\i2b2\Demographics\Age\0-9 years old\2 years old\

2 years old

N

LA

NULL

DEM|AGE:2

NULL

patient_num

patient_dimension

birth_date

N

BETWEEN

(CURRENT_DATE - INTERVAL ‘1096.75 day’) AND (CURRENT_DATE - INTERVAL ‘731.5 day’)

NULL

Demographics \ Age \ 0-9 years old \ 2 years old

@

2010-08-18 10:59:52

2010-07-14 09:58:40

2010-07-14 09:58:40

DEMO

NULL

NULL

NULL

NULL

4

\i2b2\Demographics\Age\0-9 years old\3 years old\

3 years old

N

LA

NULL

DEM|AGE:3

NULL

patient_num

patient_dimension

birth_date

N

BETWEEN

(CURRENT_DATE - INTERVAL ‘1462 day’) AND (CURRENT_DATE - INTERVAL ‘1096.75 day’)

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Demographics \ Age \ 0-9 years old \ 3 years old

@

2010-08-18 10:59:52

2010-07-14 09:58:40

2010-07-14 09:58:40

DEMO

NULL

NULL

NULL

NULL

4

\i2b2\Demographics\Age\0-9 years old\4 years old\

4 years old

N

LA

NULL

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NULL

patient_num

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birth_date

N

BETWEEN

(CURRENT_DATE - INTERVAL ‘1827.25 day’) AND (CURRENT_DATE - INTERVAL ‘1462 day’)

NULL

Demographics \ Age \ 0-9 years old \ 4 years old

@

2010-08-18 10:59:52

2010-07-14 09:58:40

2010-07-14 09:58:40

DEMO

NULL

NULL

NULL

NULL

4

\i2b2\Demographics\Age\0-9 years old\5 years old\

5 years old

N

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patient_num

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(CURRENT_DATE - INTERVAL ‘2192.5 day’) AND (CURRENT_DATE - INTERVAL ‘1827.25 day’)

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Demographics \ Age \ 0-9 years old \ 5 years old

@

2010-08-18 10:59:52

2010-07-14 09:58:40

2010-07-14 09:58:40

DEMO

NULL

NULL

NULL

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4

\i2b2\Demographics\Age\0-9 years old\6 years old\

6 years old

N

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NULL

DEM|AGE:6

NULL

patient_num

patient_dimension

birth_date

N

BETWEEN

(CURRENT_DATE - INTERVAL ‘2557.75 day’) AND (CURRENT_DATE - INTERVAL ‘2192.5 day’)

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Demographics \ Age \ 0-9 years old \ 6 years old

@

2010-08-18 10:59:52

2010-07-14 09:58:40

2010-07-14 09:58:40

DEMO

NULL

NULL

NULL

NULL

参考文献

このページは主に i2b2 Community Wiki の内容をもとに作成しました。